商城里的个体工商户如果是小规模纳税人的话，按季度申报增值税、城建税、附加税、印花税、生产经营个人所得税，如果是一般纳税人的话，按月申报增值税、城建税、附加税、印花税，按季度申报生产经营所得税。

核定征收的税务部门对个体工商户一般都实行定期定额办法执行，也就是按区域、地段、面积、设备等核定一个月应缴纳税款的额度。开具发票金额小于定额的，按定额缴纳税收，开具发票超过定额的，超过部分按规定补缴税款。 如果达不到增值税起征点的(月销售额5000-20000元，各省有所不同)，可以免征增值税、城建税和教育费附加。